Design der DNA-Sonden  

Die 20 - 30 Basen langen einzelsträngigen DNA-Stückerl müssen natürlich vorher genau passend zu der Ziel-DNA ausgewählt werden. Beispielsweise wenn man das Darmbakterium Escherichia coli identifizieren will, ist der erste Schritt eine eindeutige Basensequenz auf dem Genom des Erregers zu suchen. Dies könnte nun im Labor selbst erledigt werden, indem man DNA aus diesen Bakterien gewinnt und sequenziert oder man nutzt dazu Datenbanken von wissenschaftlichen Publikationen, um eine bereits publizierte Basensequenz zu suchen.

Eine gute Quelle dazu ist die Website des „National Center for Biotechnology Information“ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 

Möchte man mit einer Sonde gleich mehrere Bakterien nachweisen, braucht man dazu einen Informationsabschnitt, der auf allen diesen Bakterien gleich (konserviert) ist. Dazu sucht man mit spezieller Software aus den Publikationen zu allen Ziel-Bakterien eine identische Sequenz und testet diese dann auf ihre Verlässlichkeit hin. Alle Bakterien besitzen das Gen für den sogenannten 16S-Bereich in den Ribosomen von Bakterien. Während manche Teile dieses Gens bei allen Bakterien gleich (konserviert) sind, unterscheiden sich andere von Bakterienspezies zu Bakterienspezies. Diese variablen Regionen werden für das Sondendesign verwendet und ermöglichen so eine Unterscheidung einzelner Spezies.