Keimnachweis (Humanpathogen-ID-Chip; BactID-Chip) 

Der BactID-Chip dient zur Identifizierung der 5 am häufigsten vorkommenden Bakterienarten in Krankenhäusern. Diese sind verantwortlich für über 50% aller Infektionen. Dazu zählen Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Escherichia coli, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium und wird derzeit am ARCS auf 30 Keime ausgeweitet. Zur Identifikation dient ein bestimmter DNA-Abschnitt der 16S rRNA Region in den Ribosomen der Erreger. Der Anfang und das Ende dieses Stücks ist bei allen Bakterien gleich (konserviert), nur der mittlere Teil unterscheidet sich bei den verschiedenen Bakterienarten. Für diese variable Region ist es möglich, spezies-spezifische Sonden (Oligonukleotide) für den Chip zu designen, die zur Identifikation dienen. Zuerst ist es nötig, mithilfe der PCR die vorhandene Proben-DNA milliardenfach zu vermehren. In einem weiteren Schritt wird ein fluoreszierender Farbstoff („leuchtende“ Base Cytosin) in die DNA eingebaut und die Positivkontrolle dazugegeben.

Die Positivkontrolle ist ein Oligonukleotid, das fix auf einer definierten Position am Chip bindet. Somit überprüft man die Funktionstüchtigkeit des Chips und die Richtigkeit des Hybridisierungsvorganges. Jetzt trägt man die Probe auf den Chip auf und gibt sie eine Stunde bei 65°C in den Brutschrank. Dort bindet die DNA an die Sonden.
In den drei folgenden Waschschritten wird überflüssige DNA entfernt. Nach dem Trocknen wird der Chip ausgescannt und man kann überprüfen, welche Bakterien sich in der Probe befunden haben.