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Einleitung
DNA-Chips, Bio-Chips, Microarrays
Design der Sonden
Keimnachweis (Bact ID)
Ergebnisse (Bact ID)
Antibiotikaresistenznachweis (ABR)
Ergebnisse (ABR-Chip)
Ablauf des ABR-Nachweises
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Glossar
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 Glossar 

16Sr RNA:
„Kodiert die rRNA-Moleküle, die sich in den Ribosomen befinden. Die Zahl 16 bezieht sich auf das Molekulargewicht allerdings in Sedimentationseinheit „Svedberg“ ausgedrückt, die ausdrückt, wie schnell bei einer Zentrifugation ein Partikel zu Boden sinkt. Wird zur Identifikation von Bakterien verwendet.“ http://www.i-puma.de/lexikon2.html

Amplifizieren:
„Erhöhung der Kopiezahl von Plasmiden und DNA-Sequenzen.“
Folienserie des Fonds der Chemischen Industrie Biotechnologie und Gentechnik Frankfurt 1996

Antibiotika:
Eine Substanz, die schon in geringen Konzentrationen Bakterien
abtötet oder in ihrem Wachstum hemmt.

Oxacillin: penicillinasefestes Penicillin
Kanamycin: Aminogkykosid- Antibiotikum zur top. Anwendung am Auge
Trimethoprim: bakteriostat. wirkendes Chemotherapeutikum (Hemmung des Bakterienstoffwechsels)
Streptomycin: bakterizid wirkendes Aminogkykosid- Antibiotikum
Vancomycin: amphoteres Glykopeptid- Antibiotikum (Hemmung des Zellwandaufbaues bei Bakterien)
Erythromycin: Makrolid- Antibiotikum mit Wirkungsspektrum wie Penicillin
Ampicillin: halbsynthet. Breitband- Penicillin mit bakterizider Wirkung
Chloramphenicol: bakteriostat. wirkendes Antibiotikum
Tetracyclin: Breitbandantibiotikum
Fosfomycin: bakterizid wirkendes Antibiotikum
Gentamycin: bakerizid wirkendes Aminogkykosid- Antibiotikum

Antibiotikaresistenz:
Bakterien sind immun gegen Antibiotika, können also mit diesen nicht mehr bekämpft werden.

Basen; DNA-Basen:
4 verschieden organische Basen (Adenin, Cytosin, Thymin, Guanin), von denen jeweils 2 bestimmte über Wasserstoffbrückenbindungen verbunden werden können und die durch ihre Abfolge den genetischen Code auf der DNA bilden. http://de.wikipedia.org

DNA:
Die Desoxyribonukleinsäure (dt. DNS; engl. DNA, von deoxyribonucleic acid) ist ein sehr großes Molekül, das als Träger der Erbinformation dient. Anhand dieser Information, die in einer bestimmten Form, dem genetischen Code, in die DNA eingeschrieben ist, werden Proteine produziert. de.wikipedia.org

cDNA:
„Komplementäre DNA, die von der mRNA mit Hilfe der reversen Transkriptase kopiert wurde“
Folienserie des Fonds der Chemischen Industrie Biotechnologie und Gentechnik Frankfurt 1996

Denaturierung:
Die DNA-Lösung wird auf über 90°C erhitzt. Durch die so erzeugten Schwingungen lösen sich die Wasserstoffbrückenbindungen und die DNA wird einzelsträngig.
DNA- Sonden:
Einzelsträngiger DNA-Abschnitt, der zur gesuchten Sequenz der DNA im Untersuchungsmaterial komplementär ist.

Enterokokken:
Bakterien im Darm von Mensch und Tier, können Sepsis (Blutvergiftung), Nosokomialinfektionen verursachen

Fluoreszenz:
Farbstoff, der durch die Bestrahlung mit Licht einer gewissen Wellenlänge zum Leuchten angeregt wird.

Gen:
„Abschnitt auf der DNA, welcher die Information zur Synthese eines Proteins oder einer RNA enthält.“
Folienserie des Fonds der Chemischen Industrie Biotechnologie und Gentechnik Frankfurt 1996

genomische DNA:
Doppelsträngige DNA im Zellkern, die die Gesamtheit der genetischen Information eines Organismus, Organelle oder eines Virus darstellt.

Hybridisieren:
„Durch Basenpaarungen können sich einzelsträngige Nukleinsäuren in ihren komplementären Bereichen zusammenlagern.“
Folienserie des Fonds der Chemischen Industrie Biotechnologie und Gentechnik Frankfurt 1996

Kit:
Ein fertiges Paket eines Anbieters, das sämtliche benötigte Chemikalien für die Untersuchung enthält.

konservierte DNA:
Abschnitte der DNA, die sehr stabil sind und selten mutieren, daher über viele Generationen oder gar verschiedene Gruppen von Lebewesen identisch sind.

mRNA:
Einzelsträngige Kopie eines Gens aus dem Genom, die den Zellkern verlässt und den eigentlichen Bauplan für die Proteine darstellt, die in den Ribosomen gebildet werden.

Multiplex PCR:
Mit dieser PCR kann nicht nur eine DNA-Sequenz amplifiziert werden, sondern gleichzeitig mehrere. Dazu müssen verschiedene Primerpaare verwendet werden.

Negativ-/ Positivkontrolle:
Die Negativ- und Positivkontrolle sind Versuche, die gleichzeitig mit dem eigentlichen Versuch laufen. Die Positivkontrolle wird zur Überprüfung der Vorgänge verwendet (bei gelungenen Reaktionen immer positiv). Die Negativkontrolle zeigt, ob sauber gearbeitet wurde (=Negativ). Ist sie positiv, sind die Proben verschmutzt und der Versuch ist nicht aussagekräftig.

Nosokomialinfektion:
„Infektion, die im Krankenhaus erworben wird; Ursachen: mangelnde Hygiene, bautechnische Mängel, Verbreitung der Erreger durch Klimaanlagen, Häufung sehr kranker, immungeschwächter Patienten z.B. auf Intensivstationen.“
http://www.medizin.fibel.info

PCR: (=Polymerase Chain Reaction)
Mit dieser Methode werden DNA-Sequenzen sehr schnell und effektiv zur weiteren Verarbeitung künstlich mit Hilfe von Enzymen identisch vermehrt.

Plasmide:
„Geschlossenen DNA-Moleküle (kreisförmig), die sich in ihren Wirtszellen (Bakterien) autonom vermehren können. Oft verleihen sie ihrem Wirt einen Überlebensvorteil durch Gene für spezielle Stoffwechselleistungen (z.B.: Resistenzen gegen Antibiotika).“
Folienserie des Fonds der Chemischen Industrie Biotechnologie und Gentechnik Frankfurt 1996

Polymerase:
Enzym, das die DNA abschreibt und somit den komplementären Strang bildet.

Primer:
Kurze DNA-oder RNA Sequenz, die als Ansatzstelle für die Polymerase benötig wird.
Da die DNA doppelsträngig ist, werden bei der PCR ein Primerpaar benötigt. Je nach Leserichtung ist das der Forward- oder Reversprimer.

Puffer:
Stellt den optimalen pH-Wert für die chemische Reaktion ein.

Reverse Transkriptase:
Ein Enzym, das RNA in cDNA umschreiben kann.

RNA:
Einzelsträngige Nukleinsäure, die statt der Base Thymin die Base Uracil enthält.

Ribosom:
Bestandteil der Zelle, in dem die mRNA in Proteine übersetzt wird. („Proteinfabrik“)

Scanner:
Bestrahlt die Chips mit der geeigneten Wellenlänge, sodass die Fluoreszenz zum Leuchten angeregt wird. Diese Signale werden vom Scanner erfasst und am Computer ausgewertet.

Staphylococcus aureus:
grampositive Bakterie, verursacht beispielsweise Nosokomialinfektionen, Erreger von Abszessen, postoperative Wundinfektionen, Pneumonie

Staphylococcus epidermis:
Saprophyt der Haut und Schleimhaut, Erreger von Wundinfektionen, Hospitalkeim mit multipler Antibiotikaresistenz, Nosokomialinfektionen

Taq Polymerase:
Polymerase, gewonnen aus thermophilen Bakterien.

Wasserstoffbrückenbindung:
Relativ schwache Verbindung basierend auf dem elektrostatischen Grundgesetz, Verbindung der Basen in der DNA.
Intermolekulare Anziehung zwischen dem Wasserstoff-Atom eines Moleküls und dem freien Elektronenpaar eines anderen.


 
DNA-Chips - HBLA Ursprung 2005